STORY

タートルズの宿敵シュレッダー(ブライアン・ティー)は、マッドサイエンティストのバクスター・ストックマン博士(タイラー・ペリー)と、マヌケな子分ビーバップ(ゲイリー・アンソニー・ウィリアムズ)とロックステディ(ステファン・〝シェイマス″・ファレリー)の協力で脱獄を果たし、再びNYを恐怖に陥れようとする。タートルズたちはTVレポーターのエイプリル・オニール(ミーガン・フォックス)、そして新たな仲間、ホッケーマスクをかぶったNY市警のケイシー・ジョーンズ(スティーヴン・アメル)らとともに悪事を阻止しようとするが、彼らの前に立ちはだかるのはイノシシとサイのミュータントに変貌したビーバップ&ロックステディだった!
さらには異次元からきた新たな敵、悪の帝王クランゲの世界征服の野望も加わって、戦いの舞台はNYからブラジル、そして空中戦へともつれ込む!
そんな中、甲羅よりも強い絆で結ばれていたはずのタートルズに分裂の危機が…?!最大のピンチを迎えたタートルズは世界を、そして仲間を救えるのか――?